惑星Ziに神々の怒りと言われる大規模な地軸変動が起こり、それによってかつて栄えていた高度な文明は壊滅し未删减版。それから数千年後。大変動を生き延びた人々は独自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無くてはならない存在だったが、その供給は地中や海中からの発掘に依存していた。そうした中、ゾイド発掘を専門として生計を立てる人々が現れるのは当然の流れだった。ミロード村に住むルージ・ファミロン...

赛文离开约30年后的地百度云资源。被不知什么人所攻击而受伤的赛文，以坠落形式再次来到地球，故事开始。出席了地球环境保全委员会的古桥队长，遭遇到了超级太阳能设备的爆炸事故。因为原因不明的爆炸事故，奥特警备队开始展开调查。某夜，安奴的儿子在森林中目击到了谜之少女与怪兽。匹特星人展开了新的侵略计划。...

北川市郊外的湖内突然出现了恐百度网盘资源。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。...