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机械化帝国是一个不重视生命的机械帝国，首领是机械神，以攻占星球并把其机械化为已任。而除了地球，包括月球在内，整个太阳系已被机械化了。峰崎拳一，立花浩美和朝冈忍子春风校园六年级生。就在他们回校参加开业..未删减版...

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电未删减版。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己...